Makefile: Move cleanup of the class files near the compiler rules.

Makefile: Don't leave class-file placement to the `FOOFLAGS' variables.

They can (and should) be overridden by users.  But changing the output
arrangements will break the build system's assumptions.

Makefile: Use the `fsc' Scala compiler instead, because it's less slow.

Makefile: Use a less-specific symlink to find Java headers.

Initial commit.