Add --reject option to import
[stgit] / stgit / git.py
index 78aae05..268c44b 100644 (file)
@@ -18,7 +18,7 @@ along with this program; if not, write to the Free Software
 Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
 """
 
-import sys, os, re, gitmergeonefile
+import sys, os, re
 from shutil import copyfile
 
 from stgit.exception import *
@@ -38,7 +38,10 @@ class GitRunException(GitException):
     pass
 class GRun(Run):
     exc = GitRunException
-
+    def __init__(self, *cmd):
+        """Initialise the Run object and insert the 'git' command name.
+        """
+        Run.__init__(self, 'git', *cmd)
 
 #
 # Classes
@@ -82,7 +85,7 @@ class Commit:
     def __init__(self, id_hash):
         self.__id_hash = id_hash
 
-        lines = GRun('git-cat-file', 'commit', id_hash).output_lines()
+        lines = GRun('cat-file', 'commit', id_hash).output_lines()
         for i in range(len(lines)):
             line = lines[i]
             if not line:
@@ -112,7 +115,7 @@ class Commit:
             return None
 
     def get_parents(self):
-        return GRun('git-rev-list', '--parents', '--max-count=1', self.__id_hash
+        return GRun('rev-list', '--parents', '--max-count=1', self.__id_hash
                     ).output_one_line().split()[1:]
 
     def get_author(self):
@@ -150,14 +153,12 @@ def get_commit(id_hash):
 def get_conflicts():
     """Return the list of file conflicts
     """
-    conflicts_file = os.path.join(basedir.get(), 'conflicts')
-    if os.path.isfile(conflicts_file):
-        f = file(conflicts_file)
-        names = [line.strip() for line in f.readlines()]
-        f.close()
-        return names
-    else:
-        return None
+    names = set()
+    for line in GRun('ls-files', '-z', '--unmerged'
+                     ).raw_output().split('\0')[:-1]:
+        stat, path = line.split('\t', 1)
+        names.add(path)
+    return list(names)
 
 def exclude_files():
     files = [os.path.join(basedir.get(), 'info', 'exclude')]
@@ -166,27 +167,68 @@ def exclude_files():
         files.append(user_exclude)
     return files
 
+def ls_files(files, tree = 'HEAD', full_name = True):
+    """Return the files known to GIT or raise an error otherwise. It also
+    converts the file to the full path relative the the .git directory.
+    """
+    if not files:
+        return []
+
+    args = []
+    if tree:
+        args.append('--with-tree=%s' % tree)
+    if full_name:
+        args.append('--full-name')
+    args.append('--')
+    args.extend(files)
+    try:
+        # use a set to avoid file names duplication due to different stages
+        fileset = set(GRun('ls-files', '--error-unmatch', *args).output_lines())
+    except GitRunException:
+        # just hide the details of the 'git ls-files' command we use
+        raise GitException, \
+            'Some of the given paths are either missing or not known to GIT'
+    return list(fileset)
+
+def parse_git_ls(output):
+    """Parse the output of git diff-index, diff-files, etc. Doesn't handle
+    rename/copy output, so don't feed it output generated with the -M
+    or -C flags."""
+    t = None
+    for line in output.split('\0'):
+        if not line:
+            # There's a zero byte at the end of the output, which
+            # gives us an empty string as the last "line".
+            continue
+        if t == None:
+            mode_a, mode_b, sha1_a, sha1_b, t = line.split(' ')
+        else:
+            yield (t, line)
+            t = None
+
 def tree_status(files = None, tree_id = 'HEAD', unknown = False,
-                  noexclude = True, verbose = False, diff_flags = []):
+                  noexclude = True, verbose = False):
     """Get the status of all changed files, or of a selected set of
     files. Returns a list of pairs - (status, filename).
 
-    If 'files' is None, it will check all files, and optionally all
+    If 'not files', it will check all files, and optionally all
     unknown files.  If 'files' is a list, it will only check the files
     in the list.
     """
-    assert files == None or not unknown
+    assert not files or not unknown
 
     if verbose:
         out.start('Checking for changes in the working directory')
 
     refresh_index()
 
+    if files is None:
+        files = []
     cache_files = []
 
     # unknown files
     if unknown:
-        cmd = ['git-ls-files', '-z', '--others', '--directory',
+        cmd = ['ls-files', '-z', '--others', '--directory',
                '--no-empty-directory']
         if not noexclude:
             cmd += ['--exclude=%s' % s for s in
@@ -201,24 +243,44 @@ def tree_status(files = None, tree_id = 'HEAD', unknown = False,
 
     # conflicted files
     conflicts = get_conflicts()
-    if not conflicts:
-        conflicts = []
     cache_files += [('C', filename) for filename in conflicts
-                    if files == None or filename in files]
-
-    # the rest
-    args = diff_flags + [tree_id]
-    if files != None:
-        args += ['--'] + files
-    for line in GRun('git-diff-index', *args).output_lines():
-        fs = tuple(line.rstrip().split(' ',4)[-1].split('\t',1))
-        if fs[1] not in conflicts:
-            cache_files.append(fs)
+                    if not files or filename in files]
+    reported_files = set(conflicts)
+    files_left = [f for f in files if f not in reported_files]
+
+    # files in the index. Only execute this code if no files were
+    # specified when calling the function (i.e. report all files) or
+    # files were specified but already found in the previous step
+    if not files or files_left:
+        args = [tree_id]
+        if files_left:
+            args += ['--'] + files_left
+        for t, fn in parse_git_ls(GRun('diff-index', '-z', *args).raw_output()):
+            # the condition is needed in case files is emtpy and
+            # diff-index lists those already reported
+            if not fn in reported_files:
+                cache_files.append((t, fn))
+                reported_files.add(fn)
+        files_left = [f for f in files if f not in reported_files]
+
+    # files in the index but changed on (or removed from) disk. Only
+    # execute this code if no files were specified when calling the
+    # function (i.e. report all files) or files were specified but
+    # already found in the previous step
+    if not files or files_left:
+        args = []
+        if files_left:
+            args += ['--'] + files_left
+        for t, fn in parse_git_ls(GRun('diff-files', '-z', *args).raw_output()):
+            # the condition is needed in case files is empty and
+            # diff-files lists those already reported
+            if not fn in reported_files:
+                cache_files.append((t, fn))
+                reported_files.add(fn)
 
     if verbose:
         out.done()
 
-    assert files == None or set(f for s,f in cache_files) <= set(files)
     return cache_files
 
 def local_changes(verbose = True):
@@ -229,7 +291,7 @@ def local_changes(verbose = True):
 def get_heads():
     heads = []
     hr = re.compile(r'^[0-9a-f]{40} refs/heads/(.+)$')
-    for line in GRun('git-show-ref', '--heads').output_lines():
+    for line in GRun('show-ref', '--heads').output_lines():
         m = hr.match(line)
         heads.append(m.group(1))
     return heads
@@ -255,7 +317,7 @@ def get_head_file():
     Throw an exception if HEAD is detached."""
     try:
         return strip_prefix(
-            'refs/heads/', GRun('git-symbolic-ref', '-q', 'HEAD'
+            'refs/heads/', GRun('symbolic-ref', '-q', 'HEAD'
                                 ).output_one_line())
     except GitRunException:
         raise DetachedHeadException()
@@ -267,14 +329,14 @@ def set_head_file(ref):
     # in the new head
     __clear_head_cache()
     try:
-        GRun('git-symbolic-ref', 'HEAD', 'refs/heads/%s' % ref).run()
+        GRun('symbolic-ref', 'HEAD', 'refs/heads/%s' % ref).run()
     except GitRunException:
         raise GitException, 'Could not set head to "%s"' % ref
 
 def set_ref(ref, val):
     """Point ref at a new commit object."""
     try:
-        GRun('git-update-ref', ref, val).run()
+        GRun('update-ref', ref, val).run()
     except GitRunException:
         raise GitException, 'Could not update %s to "%s".' % (ref, val)
 
@@ -303,13 +365,13 @@ def __clear_head_cache():
 def refresh_index():
     """Refresh index with stat() information from the working directory.
     """
-    GRun('git-update-index', '-q', '--unmerged', '--refresh').run()
+    GRun('update-index', '-q', '--unmerged', '--refresh').run()
 
 def rev_parse(git_id):
     """Parse the string and return a verified SHA1 id
     """
     try:
-        return GRun('git-rev-parse', '--verify', git_id
+        return GRun('rev-parse', '--verify', git_id
                     ).discard_stderr().output_one_line()
     except GitRunException:
         raise GitException, 'Unknown revision: %s' % git_id
@@ -330,13 +392,20 @@ def create_branch(new_branch, tree_id = None):
     if branch_exists(new_branch):
         raise GitException, 'Branch "%s" already exists' % new_branch
 
+    current_head_file = get_head_file()
     current_head = get_head()
     set_head_file(new_branch)
     __set_head(current_head)
 
     # a checkout isn't needed if new branch points to the current head
     if tree_id:
-        switch(tree_id)
+        try:
+            switch(tree_id)
+        except GitException:
+            # Tree switching failed. Revert the head file
+            set_head_file(current_head_file)
+            delete_branch(new_branch)
+            raise
 
     if os.path.isfile(os.path.join(basedir.get(), 'MERGE_HEAD')):
         os.remove(os.path.join(basedir.get(), 'MERGE_HEAD'))
@@ -353,9 +422,9 @@ def switch_branch(new_branch):
     if tree_id != get_head():
         refresh_index()
         try:
-            GRun('git-read-tree', '-u', '-m', get_head(), tree_id).run()
+            GRun('read-tree', '-u', '-m', get_head(), tree_id).run()
         except GitRunException:
-            raise GitException, 'git-read-tree failed (local changes maybe?)'
+            raise GitException, 'read-tree failed (local changes maybe?)'
         __head = tree_id
     set_head_file(new_branch)
 
@@ -365,9 +434,9 @@ def switch_branch(new_branch):
 def delete_ref(ref):
     if not ref_exists(ref):
         raise GitException, '%s does not exist' % ref
-    sha1 = GRun('git-show-ref', '-s', ref).output_one_line()
+    sha1 = GRun('show-ref', '-s', ref).output_one_line()
     try:
-        GRun('git-update-ref', '-d', ref, sha1).run()
+        GRun('update-ref', '-d', ref, sha1).run()
     except GitRunException:
         raise GitException, 'Failed to delete ref %s' % ref
 
@@ -380,13 +449,13 @@ def rename_ref(from_ref, to_ref):
     if ref_exists(to_ref):
         raise GitException, '"%s" already exists' % to_ref
 
-    sha1 = GRun('git-show-ref', '-s', from_ref).output_one_line()
+    sha1 = GRun('show-ref', '-s', from_ref).output_one_line()
     try:
-        GRun('git-update-ref', to_ref, sha1, '0'*40).run()
+        GRun('update-ref', to_ref, sha1, '0'*40).run()
     except GitRunException:
         raise GitException, 'Failed to create new ref %s' % to_ref
     try:
-        GRun('git-update-ref', '-d', from_ref, sha1).run()
+        GRun('update-ref', '-d', from_ref, sha1).run()
     except GitRunException:
         raise GitException, 'Failed to delete ref %s' % from_ref
 
@@ -403,109 +472,6 @@ def rename_branch(from_name, to_name):
            and os.path.exists(os.path.join(reflog_dir, from_name)):
         rename(reflog_dir, from_name, to_name)
 
-def add(names):
-    """Add the files or recursively add the directory contents
-    """
-    # generate the file list
-    files = []
-    for i in names:
-        if not os.path.exists(i):
-            raise GitException, 'Unknown file or directory: %s' % i
-
-        if os.path.isdir(i):
-            # recursive search. We only add files
-            for root, dirs, local_files in os.walk(i):
-                for name in [os.path.join(root, f) for f in local_files]:
-                    if os.path.isfile(name):
-                        files.append(os.path.normpath(name))
-        elif os.path.isfile(i):
-            files.append(os.path.normpath(i))
-        else:
-            raise GitException, '%s is not a file or directory' % i
-
-    if files:
-        try:
-            GRun('git-update-index', '--add', '--').xargs(files)
-        except GitRunException:
-            raise GitException, 'Unable to add file'
-
-def __copy_single(source, target, target2=''):
-    """Copy file or dir named 'source' to name target+target2"""
-
-    # "source" (file or dir) must match one or more git-controlled file
-    realfiles = GRun('git-ls-files', source).output_lines()
-    if len(realfiles) == 0:
-        raise GitException, '"%s" matches no git-controled files' % source
-
-    if os.path.isdir(source):
-        # physically copy the files, and record them to add them in one run
-        newfiles = []
-        re_string='^'+source+'/(.*)$'
-        prefix_regexp = re.compile(re_string)
-        for f in [f.strip() for f in realfiles]:
-            m = prefix_regexp.match(f)
-            if not m:
-                raise Exception, '"%s" does not match "%s"' % (f, re_string)
-            newname = target+target2+'/'+m.group(1)
-            if not os.path.exists(os.path.dirname(newname)):
-                os.makedirs(os.path.dirname(newname))
-            copyfile(f, newname)
-            newfiles.append(newname)
-
-        add(newfiles)
-    else: # files, symlinks, ...
-        newname = target+target2
-        copyfile(source, newname)
-        add([newname])
-
-
-def copy(filespecs, target):
-    if os.path.isdir(target):
-        # target is a directory: copy each entry on the command line,
-        # with the same name, into the target
-        target = target.rstrip('/')
-        
-        # first, check that none of the children of the target
-        # matching the command line aleady exist
-        for filespec in filespecs:
-            entry = target+ '/' + os.path.basename(filespec.rstrip('/'))
-            if os.path.exists(entry):
-                raise GitException, 'Target "%s" already exists' % entry
-        
-        for filespec in filespecs:
-            filespec = filespec.rstrip('/')
-            basename = '/' + os.path.basename(filespec)
-            __copy_single(filespec, target, basename)
-
-    elif os.path.exists(target):
-        raise GitException, 'Target "%s" exists but is not a directory' % target
-    elif len(filespecs) != 1:
-        raise GitException, 'Cannot copy more than one file to non-directory'
-
-    else:
-        # at this point: len(filespecs)==1 and target does not exist
-
-        # check target directory
-        targetdir = os.path.dirname(target)
-        if targetdir != '' and not os.path.isdir(targetdir):
-            raise GitException, 'Target directory "%s" does not exist' % targetdir
-
-        __copy_single(filespecs[0].rstrip('/'), target)
-        
-
-def rm(files, force = False):
-    """Remove a file from the repository
-    """
-    if not force:
-        for f in files:
-            if os.path.exists(f):
-                raise GitException, '%s exists. Remove it first' %f
-        if files:
-            GRun('git-update-index', '--remove', '--').xargs(files)
-    else:
-        if files:
-            GRun('git-update-index', '--force-remove', '--').xargs(files)
-
 # Persons caching
 __user = None
 __author = None
@@ -576,9 +542,9 @@ def update_cache(files = None, force = False):
     rm_files =  [x[1] for x in cache_files if x[0] in ['D']]
     m_files =   [x[1] for x in cache_files if x[0] in ['M']]
 
-    GRun('git-update-index', '--add', '--').xargs(add_files)
-    GRun('git-update-index', '--force-remove', '--').xargs(rm_files)
-    GRun('git-update-index', '--').xargs(m_files)
+    GRun('update-index', '--add', '--').xargs(add_files)
+    GRun('update-index', '--force-remove', '--').xargs(rm_files)
+    GRun('update-index', '--').xargs(m_files)
 
     return True
 
@@ -605,7 +571,7 @@ def commit(message, files = None, parents = None, allowempty = False,
 
     # write the index to repository
     if tree_id == None:
-        tree_id = GRun('git-write-tree').output_one_line()
+        tree_id = GRun('write-tree').output_one_line()
         set_head = True
 
     # the commit
@@ -620,7 +586,7 @@ def commit(message, files = None, parents = None, allowempty = False,
         env['GIT_COMMITTER_NAME'] = committer_name
     if committer_email:
         env['GIT_COMMITTER_EMAIL'] = committer_email
-    commit_id = GRun('git-commit-tree', tree_id,
+    commit_id = GRun('commit-tree', tree_id,
                      *sum([['-p', p] for p in parents], [])
                      ).env(env).raw_input(message).output_one_line()
     if set_head:
@@ -645,118 +611,74 @@ def apply_diff(rev1, rev2, check_index = True, files = None):
     diff_str = diff(files, rev1, rev2)
     if diff_str:
         try:
-            GRun('git-apply', *index_opt).raw_input(
+            GRun('apply', *index_opt).raw_input(
                 diff_str).discard_stderr().no_output()
         except GitRunException:
             return False
 
     return True
 
-def merge(base, head1, head2, recursive = False):
+stages_re = re.compile('^([0-7]+) ([0-9a-f]{40}) ([1-3])\t(.*)$', re.S)
+
+def merge_recursive(base, head1, head2):
     """Perform a 3-way merge between base, head1 and head2 into the
     local tree
     """
     refresh_index()
-
-    err_output = None
-    if recursive:
-        # this operation tracks renames but it is slower (used in
-        # general when pushing or picking patches)
-        try:
-            # discard output to mask the verbose prints of the tool
-            GRun('git-merge-recursive', base, '--', head1, head2
-                 ).discard_output()
-        except GitRunException, ex:
-            err_output = str(ex)
-            pass
-    else:
-        # the fast case where we don't track renames (used when the
-        # distance between base and heads is small, i.e. folding or
-        # synchronising patches)
-        try:
-            GRun('git-read-tree', '-u', '-m', '--aggressive',
-                 base, head1, head2).run()
-        except GitRunException:
-            raise GitException, 'git-read-tree failed (local changes maybe?)'
-
-    # check the index for unmerged entries
-    files = {}
-    stages_re = re.compile('^([0-7]+) ([0-9a-f]{40}) ([1-3])\t(.*)$', re.S)
-
-    for line in GRun('git-ls-files', '--unmerged', '--stage', '-z'
-                     ).raw_output().split('\0'):
-        if not line:
-            continue
-
-        mode, hash, stage, path = stages_re.findall(line)[0]
-
-        if not path in files:
-            files[path] = {}
-            files[path]['1'] = ('', '')
-            files[path]['2'] = ('', '')
-            files[path]['3'] = ('', '')
-
-        files[path][stage] = (mode, hash)
-
-    if err_output and not files:
-        # if no unmerged files, there was probably a different type of
-        # error and we have to abort the merge
-        raise GitException, err_output
-
-    # merge the unmerged files
-    errors = False
-    for path in files:
-        # remove additional files that might be generated for some
-        # newer versions of GIT
-        for suffix in [base, head1, head2]:
-            if not suffix:
-                continue
-            fname = path + '~' + suffix
-            if os.path.exists(fname):
-                os.remove(fname)
-
-        stages = files[path]
-        if gitmergeonefile.merge(stages['1'][1], stages['2'][1],
-                                 stages['3'][1], path, stages['1'][0],
-                                 stages['2'][0], stages['3'][0]) != 0:
-            errors = True
-
-    if errors:
-        raise GitException, 'GIT index merging failed (possible conflicts)'
-
-def diff(files = None, rev1 = 'HEAD', rev2 = None, diff_flags = []):
+    p = GRun('merge-recursive', base, '--', head1, head2).env(
+        { 'GITHEAD_%s' % base: 'ancestor',
+          'GITHEAD_%s' % head1: 'current',
+          'GITHEAD_%s' % head2: 'patched'}).returns([0, 1])
+    output = p.output_lines()
+    if p.exitcode:
+        # There were conflicts
+        if config.get('stgit.autoimerge') == 'yes':
+            mergetool()
+        else:
+            conflicts = [l for l in output if l.startswith('CONFLICT')]
+            out.info(*conflicts)
+            raise GitException, "%d conflict(s)" % len(conflicts)
+
+def mergetool(files = ()):
+    """Invoke 'git mergetool' to resolve any outstanding conflicts. If 'not
+    files', all the files in an unmerged state will be processed."""
+    GRun('mergetool', *list(files)).returns([0, 1]).run()
+    # check for unmerged entries (prepend 'CONFLICT ' for consistency with
+    # merge_recursive())
+    conflicts = ['CONFLICT ' + f for f in get_conflicts()]
+    if conflicts:
+        out.info(*conflicts)
+        raise GitException, "%d conflict(s)" % len(conflicts)
+
+def diff(files = None, rev1 = 'HEAD', rev2 = None, diff_flags = [],
+         binary = True):
     """Show the diff between rev1 and rev2
     """
     if not files:
         files = []
+    if binary and '--binary' not in diff_flags:
+        diff_flags = diff_flags + ['--binary']
 
     if rev1 and rev2:
-        return GRun('git-diff-tree', '-p',
+        return GRun('diff-tree', '-p',
                     *(diff_flags + [rev1, rev2, '--'] + files)).raw_output()
     elif rev1 or rev2:
         refresh_index()
         if rev2:
-            return GRun('git-diff-index', '-p', '-R',
+            return GRun('diff-index', '-p', '-R',
                         *(diff_flags + [rev2, '--'] + files)).raw_output()
         else:
-            return GRun('git-diff-index', '-p',
+            return GRun('diff-index', '-p',
                         *(diff_flags + [rev1, '--'] + files)).raw_output()
     else:
         return ''
 
-# TODO: take another parameter representing a diff string as we
-# usually invoke git.diff() form the calling functions
-def diffstat(files = None, rev1 = 'HEAD', rev2 = None):
-    """Return the diffstat between rev1 and rev2."""
-    return GRun('git-apply', '--stat', '--summary'
-                ).raw_input(diff(files, rev1, rev2)).raw_output()
-
 def files(rev1, rev2, diff_flags = []):
     """Return the files modified between rev1 and rev2
     """
 
     result = []
-    for line in GRun('git-diff-tree', *(diff_flags + ['-r', rev1, rev2])
+    for line in GRun('diff-tree', *(diff_flags + ['-r', rev1, rev2])
                      ).output_lines():
         result.append('%s %s' % tuple(line.split(' ', 4)[-1].split('\t', 1)))
 
@@ -767,29 +689,26 @@ def barefiles(rev1, rev2):
     """
 
     result = []
-    for line in GRun('git-diff-tree', '-r', rev1, rev2).output_lines():
+    for line in GRun('diff-tree', '-r', rev1, rev2).output_lines():
         result.append(line.split(' ', 4)[-1].split('\t', 1)[-1])
 
     return '\n'.join(result)
 
-def pretty_commit(commit_id = 'HEAD', diff_flags = []):
+def pretty_commit(commit_id = 'HEAD', flags = []):
     """Return a given commit (log + diff)
     """
-    return GRun('git-diff-tree',
-                *(diff_flags
-                  + ['--cc', '--always', '--pretty', '-r', commit_id])
-                ).raw_output()
+    return GRun('show', *(flags + [commit_id])).raw_output()
 
 def checkout(files = None, tree_id = None, force = False):
     """Check out the given or all files
     """
     if tree_id:
         try:
-            GRun('git-read-tree', '--reset', tree_id).run()
+            GRun('read-tree', '--reset', tree_id).run()
         except GitRunException:
-            raise GitException, 'Failed git-read-tree --reset %s' % tree_id
+            raise GitException, 'Failed "git read-tree" --reset %s' % tree_id
 
-    cmd = ['git-checkout-index', '-q', '-u']
+    cmd = ['checkout-index', '-q', '-u']
     if force:
         cmd.append('-f')
     if files:
@@ -800,12 +719,15 @@ def checkout(files = None, tree_id = None, force = False):
 def switch(tree_id, keep = False):
     """Switch the tree to the given id
     """
-    if not keep:
+    if keep:
+        # only update the index while keeping the local changes
+        GRun('read-tree', tree_id).run()
+    else:
         refresh_index()
         try:
-            GRun('git-read-tree', '-u', '-m', get_head(), tree_id).run()
+            GRun('read-tree', '-u', '-m', get_head(), tree_id).run()
         except GitRunException:
-            raise GitException, 'git-read-tree failed (local changes maybe?)'
+            raise GitException, 'read-tree failed (local changes maybe?)'
 
     __set_head(tree_id)
 
@@ -829,8 +751,18 @@ def reset(files = None, tree_id = None, check_out = True):
     if not files:
         __set_head(tree_id)
 
+def resolved(filenames, reset = None):
+    if reset:
+        stage = {'ancestor': 1, 'current': 2, 'patched': 3}[reset]
+        GRun('checkout-index', '--no-create', '--stage=%d' % stage,
+             '--stdin', '-z').input_nulterm(filenames).no_output()
+    GRun('update-index', '--add', '--').xargs(filenames)
+    for filename in filenames:
+        # update the access and modificatied times
+        os.utime(filename, None)
+
 def fetch(repository = 'origin', refspec = None):
-    """Fetches changes from the remote repository, using 'git-fetch'
+    """Fetches changes from the remote repository, using 'git fetch'
     by default.
     """
     # we update the HEAD
@@ -842,10 +774,10 @@ def fetch(repository = 'origin', refspec = None):
 
     command = config.get('branch.%s.stgit.fetchcmd' % get_head_file()) or \
               config.get('stgit.fetchcmd')
-    GRun(*(command.split() + args)).run()
+    Run(*(command.split() + args)).run()
 
 def pull(repository = 'origin', refspec = None):
-    """Fetches changes from the remote repository, using 'git-pull'
+    """Fetches changes from the remote repository, using 'git pull'
     by default.
     """
     # we update the HEAD
@@ -857,7 +789,7 @@ def pull(repository = 'origin', refspec = None):
 
     command = config.get('branch.%s.stgit.pullcmd' % get_head_file()) or \
               config.get('stgit.pullcmd')
-    GRun(*(command.split() + args)).run()
+    Run(*(command.split() + args)).run()
 
 def rebase(tree_id = None):
     """Rebase the current tree to the give tree_id. The tree_id
@@ -875,7 +807,7 @@ def rebase(tree_id = None):
     if command:
         # clear the HEAD cache as the custom rebase command will update it
         __clear_head_cache()
-        GRun(*(command.split() + args)).run()
+        Run(*(command.split() + args)).run()
     else:
         # default rebasing
         reset(tree_id = tree_id)
@@ -883,10 +815,10 @@ def rebase(tree_id = None):
 def repack():
     """Repack all objects into a single pack
     """
-    GRun('git-repack', '-a', '-d', '-f').run()
+    GRun('repack', '-a', '-d', '-f').run()
 
 def apply_patch(filename = None, diff = None, base = None,
-                fail_dump = True):
+                fail_dump = True, reject = False):
     """Apply a patch onto the current or given index. There must not
     be any local changes in the tree, otherwise the command fails
     """
@@ -905,8 +837,11 @@ def apply_patch(filename = None, diff = None, base = None,
     else:
         refresh_index()
 
+    cmd = ['apply', '--index']
+    if reject:
+        cmd += ['--reject']
     try:
-        GRun('git-apply', '--index').raw_input(diff).no_output()
+        GRun(*cmd).raw_input(diff).no_output()
     except GitRunException:
         if base:
             switch(orig_head)
@@ -923,17 +858,17 @@ def apply_patch(filename = None, diff = None, base = None,
         top = commit(message = 'temporary commit used for applying a patch',
                      parents = [base])
         switch(orig_head)
-        merge(base, orig_head, top)
+        merge_recursive(base, orig_head, top)
 
 def clone(repository, local_dir):
     """Clone a remote repository. At the moment, just use the
-    'git-clone' script
+    'git clone' script
     """
-    GRun('git-clone', repository, local_dir).run()
+    GRun('clone', repository, local_dir).run()
 
 def modifying_revs(files, base_rev, head_rev):
     """Return the revisions from the list modifying the given files."""
-    return GRun('git-rev-list', '%s..%s' % (base_rev, head_rev), '--', *files
+    return GRun('rev-list', '%s..%s' % (base_rev, head_rev), '--', *files
                 ).output_lines()
 
 def refspec_localpart(refspec):
@@ -949,7 +884,6 @@ def refspec_remotepart(refspec):
         return m.group(1)
     else:
         raise GitException, 'Cannot parse refspec "%s"' % line
-    
 
 def __remotes_from_config():
     return config.sections_matching(r'remote\.(.*)\.url')
@@ -1031,4 +965,4 @@ def all_refs():
     """Return a list of all refs in the current repository.
     """
 
-    return [line.split()[1] for line in GRun('git-show-ref').output_lines()]
+    return [line.split()[1] for line in GRun('show-ref').output_lines()]